Zdravý ľudský organizmus nie je sterilný. Povrch tela, ako aj niektoré iné oblasti, osídľuje mikroflóra, ktorá je za normálnych okolností neškodná, teda aj keď obsahuje rôzne baktérie, vírusy či kvasinky, tie nespôsobujú žiadne ochorenie.

Vaginálnu mikroflóru, prirodzené zloženie vnútorného prostredia pošvy – tvoria viaceré mikroorganizmy. Medzi nimi prevládajú najmä laktobacily, ktoré súťažia s ostatnými prítomnými mikroorganizmami o možnosť priľnúť k epiteliálnym bunkám v pošve, z ktorých získavajú zložený cukor glykogén potrebný pre ich rast a množenie. Úlohou laktobacilov je udržiavať kyslé prostredie v pošve, čo ju pomáha chrániť proti pôvodcom infekcií. Tradične bol za dominantný kmeň označovaný známy Lactobacillus acidophilus, no posledné výskumy ukázali, že zdravé ženy majú tento typ v pošvovej mikroflóre len zriedka.

Pomer mikroorganizmov v mikroflóre nie je stály, mení sa napríklad v závislosti od fázy menštruačného cyklu. Okrem laktobacilov patria u žien v plodnom veku medzi prirodzené baktérie v pošve aj kvasinky, mykoplazmy a baktérie nazývané difteroidy. U dievčat pred dosiahnutím pohlavnej zrelosti a u žien po klimaktériu sa objavujú enterokoky, styfokoky, koliformné baktérie (prirodzene sa vyskytujúce v tráviacom trakte) a difteroidy.

U žien, ktoré žijú aktívnym pohlavným životom, však môže byť mikroflóra veľmi premenlivá a ovplyvňuje ju:

  • intenzita sexuálneho života
  • mikroflóra sexuálnych partnerov
  • sexuálne zvyky
  • osobná hygiena
  • spôsob antikoncepcie

Zdravé pH v pošve je kyslé, má hodnotu medzi 3,8 – 4,4. Aj o to sa starajú laktobacily, ktoré produkujú látky ako laktát (soľ kyseliny mliečnej), acetát (octan) a peroxid vodíka. Kyslé pH tlmí množenie škodlivých mikroorganizmov. Navyše ak je pH viac zásadité, laktobacily nie sú schopné dostatočne priľnúť na epiteliálne bunky a tým sa nedostanú k zdroju živín, ktoré na svoj rast a množenie potrebujú. Kyslé pH teda súčasne ničí škodlivé baktérie, a zároveň je dôležitým predpokladom na udržanie dostatku užitočných laktobacilov a ich funkcie.